Comme toute théorie scientifique, la théorie darwinienne a été l’objet de controverses, de critiques et de positions alternatives. Utilisant les connaissances qui étaient à sa disposition, Darwin a toujours essayé de rester objectif. Mais il n’était pas un prophète et on ne peut pas lui reprocher d’avoir méconnu, par exemple, les travaux de Gregor Mendel alors que ces derniers n’ont été redécouverts qu’à la fin du 19e et début du 20e siècle. C’est pourquoi, au fur et à mesure des progrès scientifiques, certaines recherches améliorent la théorie darwinienne ; d’autres, au contraire, tentent de s’affranchir du darwinisme. Cependant, aucune n’échappe finalement au concept universel de la sélection naturelle.